Meluncurkan serangan kejutan yang menghancurkan, para ninja terbang dari Negeri Langit berusaha membalas dendam terhadap musuh lama mereka, Konohagakure. Meskipun sangat ingin bergabung dalam pertarungan, Naruto Uzumaki dihalangi oleh Shinnou, seorang dokter misterius yang membutuhkan bantuannya untuk menyelamatkan orang yang terluka. Saat mengantarkan orang yang terluka itu ke rumah sakit, Naruto secara tak terduga bertemu dengan Amaru—seorang pemuda pemberani dari desa tetangga yang sangat ingin mendapatkan bantuan Shinnou.
Sementara itu, saat para penyerbu mundur untuk memulihkan pasukan mereka, Tsunade memanfaatkan kesempatan itu untuk mengirim tim kecil yang terdiri dari Sai, Shikamaru Nara, dan Kakashi Hatake untuk menyerang markas mereka. Bersamaan dengan itu, ia menugaskan Naruto, Sakura Haruno, dan Hinata Hyuuga untuk menemani Shinnou dan Amaru dalam perjalanan mereka. Namun, selama waktu itu, Orochimaru memiliki rencananya sendiri: ia memerintahkan Sasuke Uchiha untuk membawakannya dokter yang ahli dalam teknik reinkarnasi.
Saat kelompok pengawal itu secara tidak sengaja mengungkap kebenaran mengerikan di balik serangan itu, rencana penuh gejolak pun mulai dijalankan. Namun, bahkan saat dihadapkan dengan reuni yang tak terduga, Naruto tidak goyah dalam upayanya untuk mengakhiri peperangan dan dampak buruknya.
