Dipimpin oleh Yamato, Naruto Uzumaki, Sakura Haruno, dan Sai ditugaskan untuk menangkap Mukade, seorang ninja nakal yang sedang mengejar cakra kuno Ryuumyaku yang terletak di bawah reruntuhan Rouran. Sementara Ryuumyaku telah disegel oleh Hokage Keempat, kelompok tersebut gagal mencegah Mukade melepaskan kekuatannya. Akibatnya, ledakan energi yang kuat menelan Naruto dan Yamato sebelum mereka dapat melarikan diri.
Saat ia terbangun di kerajaan yang megah namun bermusuhan, Naruto bertemu dengan ratu mudanya Saara dan tiga ninja Konohagakure dalam misi rahasia. Mereka mengungkapkan kepadanya bahwa ia telah melakukan perjalanan waktu ke Rouran 20 tahun ke masa lalu! Untuk memperburuk keadaan, Mukade telah menyusup ke istana kerajaan, menjadi menteri paling tepercaya sang ratu yang naif dengan alias Anrokuzan.
Bergabung dengan ketiga ninja tersebut, Naruto harus melindungi kehidupan Saara tanpa gagal untuk menghentikan rencana penjahat itu dan kembali ke masa kini.
