Sekembalinya ke Konohagakure, ninja muda itu merayakan kemenangannya atas sekelompok anggota Akatsuki. Namun, Naruto Uzumaki dan Sakura Haruno merasa berbeda. Naruto cemburu pada keluarga rekan-rekannya yang memberi ucapan selamat, dan mengharapkan kehadiran orang tuanya sendiri. Di sisi lain, Sakura marah pada orang tuanya yang memalukan, dan tidak menginginkan orang tua sama sekali. Keduanya berselisih pendapat tentang cita-cita mereka yang berlawanan, tetapi dihadapkan dengan masalah yang lebih mendesak ketika Madara Uchiha yang bertopeng tiba-tiba muncul dan memindahkan mereka ke dunia alternatif.
Di dunia ini, orang tua Sakura dianggap pahlawan—karena mereka mengorbankan nyawa mereka untuk melindungi Konohagakure dari serangan Rubah Ekor Sembilan 10 tahun yang lalu. Akibatnya, orang tua Naruto, Minato Namikaze dan Kushina Uzumaki, masih hidup dan sehat. Karena tidak dapat kembali ke rumah atau menemukan Madara yang bertopeng, Naruto dan Sakura tetap tinggal di dunia baru ini dan menikmati perubahan yang selalu mereka dambakan. Semua tampak baik-baik saja bagi kedua ninja itu, sampai sebuah ancaman tak terduga muncul yang mendorong Naruto dan Sakura untuk tidak hanya bertarung demi Konohagakure di dunia alternatif, tetapi juga mencari jalan kembali ke dunia mereka sendiri.
