Setelah lima tahun memendam perasaan yang tak terucapkan, siswa SMA Taiju Ooki akhirnya siap untuk menyatakan cintanya kepada Yuzuriha Ogawa. Namun, tepat saat Taiju mulai menyatakan cintanya, cahaya hijau yang menyilaukan menyinari Bumi dan membuat seluruh umat manusia di dunia membatu—mengubah setiap manusia menjadi batu.
Beberapa milenium kemudian, Taiju terbangun dan mendapati dunia modern sama sekali tidak ada, karena alam telah berkembang pesat selama bertahun-tahun ketika manusia tidak bergerak. Di antara dunia patung batu, Taiju bertemu dengan satu manusia hidup lainnya: sahabatnya yang mencintai sains, Senkuu, yang telah aktif selama beberapa bulan. Taiju mengetahui bahwa Senkuu telah mengembangkan rencana besar—untuk meluncurkan kebangkitan penuh peradaban dengan sains. Kekuatan Taiju dan otak Senkuu bersatu untuk membentuk kemitraan yang tangguh, dan mereka segera menemukan metode untuk menghidupkan kembali mereka yang telah membatu.
Namun, rencana utama Senkuu terancam ketika ideologinya ditentang oleh mereka yang telah bangkit. Sementara itu, alasan umat manusia menjadi membatu masih belum diketahui.
