Selama diskusi mereka tentang penyelidikan sensitif, A, Raikage Keempat, dan bawahannya disergap oleh penyusup berjubah. Saat pemimpin Kumogakure menangkis serangan itu, ia terkejut saat mengetahui bahwa pelakunya adalah Naruto Uzumaki!
Namun, percobaan pembunuhan itu bukan satu-satunya kejahatan yang dikaitkan dengan ninja muda itu, yang dengan tegas membantah tuduhan tersebut. Untuk menghindari konflik diplomatik, Tsunade secara paksa mengirimnya ke Kastil Houzuki di Kusagakure—penjara dengan keamanan maksimum yang didedikasikan untuk penjahat ninja—hingga situasinya teratasi.
Meskipun kekuatannya segera ditekan oleh Mui, sipir penjara yang memiliki kemampuan untuk menyegel cakra, Naruto dengan gegabah terlibat dalam upaya melarikan diri yang sia-sia. Namun dengan bantuan dua orang narapidana lainnya, ia menyadari bahwa ada lebih banyak hal di fasilitas penahanan legendaris ini daripada yang terlihat. Mengungkap rahasia yang mengerikan, ketiganya memulai operasi berbahaya yang mungkin menjadi satu-satunya kesempatan Naruto untuk membebaskan diri dan membuktikan ketidakbersalahannya.